Il giardino botanico venne fondato nel 1966 da un'associazione, venne allestito grazie alla collaborazione di volontari e fu inaugurato con l'apertura al pubblico il 1 luglio 1973. Fino ad oggi è stato curato ed amministrato con grande dedizione da volontari. Lo scopo dell'associazione 'Alpengarten Villacher Alpe' non è soltanto quello di offrire ai vistatori della montagna più caratteristica di Villacco - da cui trae anche il nome - uno splendido panorama sulle Caravanche, sulle Alpi Giulie, sulle Alpi Carniche, ma anche un giardino naturalistico alpino che può dare un'idea sulla bellezza della flora alpina meridionale.
L'associazione si finanzia con il ricavato dei biglietti d'ingresso e con le offerte ed i contributi degli oltre 800 soci. Il simbolo dell'associazione e il 'Petergstamm' (orecchietta d'orso), un fiore che colpisce per il giallo vivace dei suoi petali e per il suo verde, particolarmente intenso durante il periodo primaverile, delle foglie.